Mikroorganismers namn är uppbyggda på samma sätt som växters, dvs har ursprung i Linnés botaniska system från 1700-talet. En maskros heter t.ex. på latin Taraxacum vulgare.
I början av 1900-talet började man systematisera bakterienamn på ett likartat sätt. För några vanliga bakterier finns både svensk och latinsk benämning t ex pneumokocker vars korrekt vetenskapliga namn är Streptococcus pneumoniae. Majoriteten av av bakterier har dock enbart latinsk benämning. Det finns en strävan att försöka hålla sig till de vetenskapligt korrekta namnen i så stor omfattning som möjligt för att undvika oklarheter eller missförstånd.
Korrekta bakterienamn är binomiala dvs består av två ord. De är på latin eller latiniserade och skrivs i vetenskapliga sammanhang med kursiverad stil (eller understruket i manuskript). I journaler kan man skriva med vanligt typsnitt. Vanligen har bakterienamnen sitt ursprung från latinet eller grekiskan, men även egennamn förekommer.
Det första namnet, stor begynnelsebokstav, betecknar genus och är ett substantiv eller substantiverat adjektiv t ex Streptococcus. Förkortning till en bokstav t ex S. kan användas om ej oklarhet uppstår. Det andra namnet, liten begynnelsebokstav, är ett specificerande adjektiv t ex S. pneumoniae. Om inte "efternamnet" är känt kan benämningen species (förkortat sp.) användas t ex. Streptococcus species.
Ibland förekommer ett tredje namn (trinomial form) för att beteckna subspecies eller biotyp, liten begynnelsebokstav t ex Staphylococcus cohnii subspecies urealyticum.
Ett speciellt problem är att vissa mikroorganismer ibland byter namn. Detta sammanhänger med taxonomiska förändringar (= förändringar i klassifikation) där främst nya molekylärbiologiska och genetiska studier har visat på andra släktskap jämfört med vad man tidigare funnit med andra taxonomiska metoder.
Det är en bedömningsfråga när man ska sluta använda ett inarbetat välkänt bakterienamn till förmån för ny taxonomisk kunskap. En viss eftersläpning kan nog tillåtas så att de nya namnen hinner bli accepterade i vetenskapliga artiklar och läroböcker.